اغتيل أحمد شاه مسعود في 9 سبتمبر 2001 أي قبل يومين فقط من تفجيرات الحادي عشر من سبتمبر 2001. ويعتقد أن أسامة بن لادن زعيم تنظيم القاعدة المتحالف مع طالبان التي كانت تسيطر على الحكم آنذاك، أرسل عنصرين من التنظيم نجحا في اغتياله في بلدة "خواجة بهاء الدين" بولاية تخار الشمالية قرب طاجيكستان، حين تظاهرا بأنهما صحفيان وحملا معهما كاميرا ملغومة.
وفي 2005 أدانت محكمة فرنسية في باريس أربعة أشخاص بتهمة "توفير الدعم اللوجستي لقتلة أحمد شاه مسعود"، حيث حكمت على المتطرفين الإسلاميين الأربعة بالسجن لفترات تتراوح بين عامين وسبعة أعوام. وكان الأربعة قد تم اعتقالهم من قبل الشرطة الفرنسية بعد ربط أوراق عثرت مع قتلة مسعود وخلية متطرفة في بروكسل يرأسها طارق معروفي الذي حكم عليه بالسجن 6 سنوات في 2003
