يوم الإربعاء 4 يناير 2006 أصيب بجلطة سببها نزيف دماغي حاد سبب له فقدان وعيه. أدخل شارون إلى مستشفى هداسا عين كرم في القدس حيث أجريت له عملية أولى دامت 6 ساعات. ورغم استقرار حالته الصحية نتيجة العملية، فلم يعد شارون إلى وعيه. منذ ذلك، اضطر الأطباء إلى إعادته لغرفة العمليات بضع مرات بعد أن اكتشفوا وجود مناطق أخرى في الدماغ تعاني من النزيف، ومشاكل طبية أخرى تميز حالة عدم الوعي. في 28 مايو 2006 نـُقل إلى مستشفى "شيبا" في رمات غان بجانب تل أبيب) وفي مقابلة صحافية مع إذاعة غالي تساهل في 17 سبتمبر 2008 قال الطبيب المسؤول عنه إنه في حالة "الوعي الأدنى" حيث يحس بالألم ويرد ردًا أساسيًا على سماع صوت أقربائه، ولكنه ما زال في حالة خطيرة دون أن يطرأ تحسن ملموس في حالته الصحية منذ نقله إلى المستشفى.