مع أن مرض تكيس المبايض يعتبر من أكثر حالات اختلال الهرمونات شيوعا في السيدات. إلا أن ميكانيكية تكيس المبايض غير معروفة بالتحديد ولهذا فالسبب الرئيسي غير معروف ولكن هناك عدة عوامل تؤدي إليه . فالبعض يرى أن المشكلة في الغدة النخامية Pituitary gland ، حيث أن هناك زيادة في هورمون إل أتش LH يؤدي إلى انخفاض في هرمون الاستروجين الذي يجعل استجابة الأكياس الموجودة في المبيض استجابة عشوائية وغير منتظمة. ويرى آخرون أن المشكلة تقع داخل المبيض حيث انه لا يستجيب لهرمونات الغدة النخامية بشكل مناسب كما في المبايض الطبيعية وهناك فريق ثالث يرى أن المشكلة تقع في الغدة الكظرية ( الجاركلوية) حيث أنها تنتج كمية كبيرة من الهرمونات الذكرية كهرمون DHEAS الذي يؤدي إلى تكيس المبايض. وهناك نظرية جديدة تعزو المشكلة إلى قلة إفراز هرمون دوبامين Dopamine في المراكز العليا في المخ، وهذا بدوره يؤثر على ما تحت المهاد والغدة النخامية. ومهما يكن السبب فإن علاج المشكلة يكمن في تصحيح الوضع المختل باستعمال الأدوية المنشطة أو بعملية كي للمبايض.